Project
Long-read sequencing
Het doel van het voorgestelde project is doormiddel van long read sequencing de genetische locatie van ESBL-genen en andere AMR-genen in isolaten uit 2021 te bepalen. Wat is de meerwaarde van long-read sequencing voor de AMR monitoring?
Monitoring van antimicrobiële resistentie (AMR) bij landbouwhuisdieren vindt in een jaarlijks doorlopende onderzoek cyclus plaats op basis van de fenotypische resistentie van de commensale darm bacterie E. coli en zoonotische bacteriën waaronder Salmonella en Campylobacter. Volgens de nieuwe regelgeving (Commission Implementing Decision 2020/1729/EU) is het vanaf 2021 mogelijk om deze monitoring door middel van whole-genome sequencing (WGS) uit te voeren voor E. coli die selectief geïsoleerd zijn voor de ESBL monitoring.
WGS geeft verschillende voordelen omdat naast de voorspellende waarde van het fenotype op basis van de aanwezige AMR-genen ook veel extra data beschikbaar is oa. over de aanwezige plasmiden en de onderlinge verwantschap van de onderzochte E. coli isolaten.
De veelvuldig gebruikte short-read WGS heeft niet de mogelijkheid om de relatie tussen AMR-genen en plasmiden goed weer te geven. Long-read sequencing kan deze relatie wel goed weergeven maar heeft een relatief hoge foutmarge waardoor de genetische verwantschap tussen de E. coli en tussen de plasmiden niet goed berekend kan worden. Om deze reden worden plasmide analyses momenteel uitgevoerd door een combinatie van deze sequencing technieken (hybride assemblages).