Kennisbasis Dier

Doelstelling

Doelen van dit project zijn:

1. Ontwikkelen van methoden om genetische diversiteit binnen en tussen populaties beter te kunnen meten en managen (gebruik makend van grote aantallen SNP merker data).
2. Vaststellen van genetische variatie in melkvetzuursamenstelling tussen rassen.

Activiteiten

• Benutting van ‘genome wide’ DNA informatie voor het behoud van genetische diversiteit bij landbouwhuisdieren (PhD Krista Engelsma)

Technologische ontwikkelingen maken het mogelijk om moleculaire genetische variatie, snel en steeds goedkoper, met grote aantallen genetische merkers (SNPs) in kaart te brengen. Dergelijke ‘dense marker maps’ bieden perspectieven voor gedetailleerde evaluatie van genetische diversiteit over het gehele genoom of voor stukken van het genoom. Het onderzoek is gericht op het ontwikkelen en uittesten van een methode voor het gebruik van ‘genome wide’ DNA informatie ten behoeve van het behoud van genetische diversiteit in landbouwhuisdieren en prioritering van dieren die in aanmerking komen voor opname in een genenbank.

• Genetische variatie in vetzuursamenstelling in de melk, tussen en binnen melkveerassen (Myrthe Maurice-van Eijndhoven)

Variatie in melksamenstelling, en met name in de samenstelling van melkvet, heeft een duidelijke genetische achtergrond (Milk Genomics Initiative). Er is echter nog weinig bekend over genetische verschillen tussen (Nederlandse) rassen. Het onderzoek richt zich op het aantonen van genetische verschillen in melksamenstelling tussen en binnen rassen, waarmee het behoud van rassen en unieke genetische variatie kan worden ondersteund.

Resultaten

Wetenschappelijke en vakpublicaties en (verbeterde) methoden om genetische variatie te meten en te managen.

Myrthe Maurice heeft in 2014 haar promotie-onderzoek afgerond In het onderzoek werd aangetoond dat de melk van bedrijven met verschillende runderrassen verschillend was qua melkvetzuursamenstelling, maar specifieke rasverschillen waren niet duidelijk. In de laatste fase van het onderzoek is gekeken naar de genetische achtergrond van melkvetzuursamenstelling, waarvoor  DNA gegevens (777k SNP merkers) en gegevens over de melkvetzuursamenstelling van individuele koeien beschikbaar waren. Ter gelegenheid van de promotie is bovendien een wetenschappelijk symposium georganiseerd.

In 2014 is de eerste wetenschappelijk publicatie van het PhD project getiteld “Genetic erosion and long term genetic improvement” verschenen.  Resultaten van de eerste fase van het onderzoek van PhD Sonia Eynard laten zien dat gebruik van volledige DNA sequenties duidelijk meerwaarde heeft voor monitoring en behoud van genetische diversiteit, vergeleken met het gebruik van alleen SNP data of afstammingsgegevens. In vervolgonderzoek zal worden gekeken in hoeverre ook andere dieren zullen worden geselecteerd wanneer DNA sequenties beschikbaar zijn ten opzichte van SNP data.

Resultaten en Producten 2016

-      PhD Sonia Eynard heeft haar derde manuscript voorbereid en aangeboden aan een wetenschappelijk tijdschrift, en is gestart met het vierde deel van haar onderzoek. In het derde manuscript wordt beschreven hoe referentie-populaties voor genomic selection kunnen worden geoptimaliseerd met het oog op behoud van genetische diversiteit.

-      Verslag van MSc thesis over genetische diversiteit in de populatie Veluwse heideschapen en de werking van de fokkerijstructuur (rammencirkels). Op basis van het studentenonderzoek is een manuscript opgesteld dat zal worden aangeboden aan een wetenschappelijk tijdschrift.

-      In samenwerking met KU Leuven en de Universiteit van Luik-Gembloux is een meta-analyse uitgevoerd van de genetische variatie binnen en tussen Nederlandse en Belgische rode runderrassen. Een draft manuscript is opgesteld.

-      Wetenschappelijke publicatie  “Population Genetic diversity and structure of Dutch Red and White Friesian cattle and its contribution to the total genetic diversity of Dutch dairy breeds”

-      Op basis van literatuuronderzoek is een concept protocol opgesteld voor cryoconservering van ovariumweefsel. Verder onderzoek en validatie vindt plaats in het kader van EC Horizon 2020 IMAGE project, in samenwerking met Hongaarse partners.