Project
Fytosanitair: Detectiemethode Ralstonia syzygii
De bacteriële ziekteverwekker Ralstonia syzygii komt vooral voor in Zuid-Azië en is de veroorzaker van verwelkingsziekte en blood disease in banaan. De soort is tegenwoordig opgedeeld in drie subsoorten, R. syzygii subsp. syzygii, R. syzygii subsp. celebesensis, en R. syzygii subsp. indonesiensis. Dit project beoogd om de fylogenetische indeling van R. syzygii en zijn waardplantenreeks in kaart te brengen om tot een inschatting van het risico voor akkerbouw- en kasgewassen te komen. Ook worden detectiemethoden ontwikkeld voor alle geïdentificeerde subgroepen.
Voor het vaststellen van de fylogenetische indeling van R. syzygii worden stammen verzameld uit landen zoals Japan, Zuid-Korea en Australië, die slecht vertegenwoordigd zijn in officiële collecties. Deze stammen worden volledig gesequenced. Ook worden volledige genoom sequenties verzameld uit openbare databases. Fylogenetische analyses worden uitgevoerd die de indeling van subgroepen mogelijk moeten maken en hun verwantschap moeten aantonen. Voor het inschatten van het risico van deze subgroepen voor de Nederlandse teelt en akkerbouw worden deze subgroepen getoetst op hun waardplantenreeks. Ook worden moleculaire (TaqMan) toetsen ontwikkeld en gevalideerd die specifiek zijn voor de subgroepen die zijn geïdentificeerd in de fylogenetische analyses. Deze detectiemethoden maken het mogelijk om (geïmporteerd) plantmateriaal te toetsen en door vroege detectie van de ziekteverwekker een verdere verspreiding te voorkomen.