Project

Databases landbouwhuisdierrassen en aquatische soorten

Rassen-, soorten- en genenbankcollectie-gerelateerde data wordt door CGN beheerd in specifieke databases en de data zijn toegankelijk via web portals en (deels publieke) interfaces. De data-infrastructuur wordt door CGN onderhouden en verder ontwikkeld en gemoderniseerd, zo mogelijk in samenwerking met buitenlandse partners. Een goede karakterisering en documentatie zijn belangrijke voorwaarden voor (toekomstig) gebruik van genenbankcollecties. Al het materiaal in de genenbank is individueel geïdentificeerd en hieraan zijn locatie- en kwaliteitsgegevens gekoppeld.

In samenwerking met onderzoekpartners en private partijen in binnen- en buitenland worden genenbankcollecties genetisch en fenotypisch in kaart gebracht, en de data wordt zo mogelijk publiek beschikbaar gemaakt. De risicostatus van de in Nederland aanwezige landbouwhuisdierrassen wordt periodiek gemonitord en de door CGN verzamelde monitoringsgegevens worden vastgelegd in de mondiale/Europese DAD-IS/EFABIS database en het FAO Global Information System for farmed types of aquatic genetic resources (AquaGRIS).  

Dit project richt zich op het up-to-date houden en toegankelijk maken van gegevens over de dierlijke genenbankcollecties in door CGN beheerde genenbank- en genomic databases. Gebruik van genetisch materiaal uit de dierlijke genenbank wordt bevorderd door genenbankcollecties goed te documenteren en data toegankelijk te maken. Ontwikkelingen in de genomica bieden nieuwe mogelijkheden om genenbankcollecties of rassen uitgebreider genetisch te karakteriseren. Genetische karakterisering is van belang om inzicht te krijgen in de variatie en opbouw van collecties en daarmee kan opbouw en beheer van collecties worden gerationaliseerd. Anderzijds is de informatie belangrijk voor de (potentiële) gebruiker.

Er is sprake van een groeiende vraag naar gebruik van genenbankmateriaal voor onderzoek en ter ondersteuning van fokprogramma’s en het levend bewaren van zeldzame rassen in situ. Het is daarom van belang dat zowel het genetisch materiaal zelf als de daaraan gekoppelde data goed toegankelijk zijn voor de (potentiële) gebruikers en de beheerder van de genenbank.

De risicostatus van landbouwhuisdierrassen en de genetische diversiteit in aquatische soorten wordt blijvend gemonitord om veranderingen tijdig op te sporen en indien nodig actie te ondernemen.

Informatie in de databases en indicatoren over behoud en gebruik van genetische diversiteit wordt toegankelijk gemaakt via de CGN website en via internationale portals en publieke websites.

Resultaten

Onderhoud en vernieuwing database genenbankcollecties

  • Na evaluatie van alternatieve mogelijkheden, in samenwerking met andere Europese genenbanken, is gekozen voor Biolomics van BioAware
  • Biolomics database opgestart, aangepast en bulk data migratie van de oude database CryoWeb naar de nieuwe database Biolomics
  • Risicoanalyse uitgevoerd gericht op veiligheid van databases Er zijn adviezen verkregen om het risico te verkleinen

Genenbank gerelateerde genomische database

  • De iRODS database voor opslag van genenbank gerelateerde genomische data is in gebruik genomen (lange termijn of back up opslag van data)

Toegang tot data via portals en websites

  • Grote update van de reguliere CGN website gestart. De lancering van de vernieuwde website wordt gekoppeld aan lancering van nieuwe Biolomics database

Verdere genetische en fenotypische karakterisering van de genenbankcollecties

Monitoringsgegevens en indicatoren

  • Procedure om gedigitaliseerd/geautomatisceerd monitoringsgegevens van rasorganisaties te verzamelen is geoptimaliseerd en in gebruik genomen
  • Nieuwe ontwikkelingen in DAD-IS uitgetest en deelgenomen aan een pilot van de FAO AquaGRIS database voor de monitoring van aquatische bronnen

Publicaties