Project
A de novo sequencing catalogue B. oleracea
Veel economische belangrijke groentegewassen, zoals kool, bloemkool, koolrabi, boerenkool, broccoli en spruitjes, behoren tot de soort Brassica oleracea. Voor plantenveredeling, waar genetisch materiaal gekruisd wordt om zo waardevolle eigenschappen in nieuwe rassen te combineren, is het belangrijk dat de meiose, waar recombinatie tussen oudere genomen plaatsvindt, goed verloopt.
Niet goed verlopende kruisingen
Nu blijkt dat in kruisingen binnen en tussen B. oleracea gewassen de meiose veelal niet goed verloopt. Een oorzaak kan zijn dat er tussen de genomen van de verschillende gewassen structurele variaties voorkomen die het paren van chromosomen en recombinatie verstoren. Een andere onderliggende oorzaak kan zijn dat de genoom triplicatie, die ongeveer 15 miljoen jaar geleden plaatsvond in een voorouder van de brassica soorten, deze onregelmatigheden veroorzaakt. Daar er geen goede referentie genomen zijn, is dit moeilijk te onderzoeken.
In dit project is het doel om zowel de novo referentie genomen te genereren van 4 belangrijke B. oleracea gewassen, alsook het genereren van genetische kaarten van inter-gewas segregerende populaties om zo het recombinatielandschap te reconstrueren. Beide aanpakken versterken elkaar.
Juiste strategie
De verworven kennis is van belang omdat ze veredelaars gereedschappen verschaft om de juiste strategieën te kiezen om eigenschappen vanuit B. oleracea collecties in te kruisen in hun elite lijnen. Dit leidt tot efficiëntere veredeling, en een duurzamere productie van koolgewassen daar bijvoorbeeld gebruik van genetische bij (a)biotische stressresistenties over het gehele assortiment koolgewassen ingezet kan worden.
Eerste stappen
In 2017 zijn de eerste stappen genomen. Voor elk van de gewassen kool, bloemkool, broccoli, kohlrabi en boerenkool, zijn genotypes geselecteerd die in het voorjaar van 2018 onderling gekruist kunnen worden. Dit is de eerste stap naar de double cross populaties, die we genereren om het recombinatie landschap tussen verschillende B. oleracea gewassen te bestuderen. Verder is het eerste DNA van deze lijnen geïsoleerd, en verwachten we de eerste sequentie data begin 2018.