Project

Standaardisatie diagnostiek met Next Generation Sequencing

Snel en efficiënt opsporen van mogelijke ziekteverwekkers en plaagorganismen in plantaardig uitgangsmateriaal is belangrijk voor Nederland als producent van plantaardig uitgangsmateriaal. Next Generation Sequencing-technologieën (NGS) bieden hiervoor zeer goede mogelijkheden.

Dankzij dit project zullen gebruikers van diagnostische toetsen, zoals medewerkers van keuringsdiensten en van bedrijven uit de sector plantaardig uitgangsmateriaal, de NGS-technologieën optimaal kunnen inzetten en zo effectief en betrouwbaar ziekteverwekkers opsporen.

Wat is NGS?

NGS is een methode (zoals ELISA en PCR) die ingezet kan worden voor zeer veel verschillende toetsen. Het voordeel van NGS is dat de data in één keer gegenereerd worden en daarna tegelijkertijd gescreend kunnen worden op alle mogelijke ziekteverwekkers of plaagorganismen. Vanwege dit generieke karakter is het gebruik van NGS een logische en effectieve keuze voor een breed scala aan diagnostische toepassingen binnen plant gezondheid. Onder andere in de PPS Ontwikkeling diagnostiek quarantaine- en kwaliteitsziekten bij planten (2013-2016) is gebleken dat NGS uitstekende mogelijkheden biedt om snel en adequaat pathogenen op te sporen zowel in symptomatisch plantenweefsel als in asymptomatisch uitgangsmateriaal zoals zaden en knollen. Harmonisatie van de NGS-procedures en validatie van de op NGS gebaseerde testen is echter dringend gewenst. In deze PPS zullen alle belangrijke Nederlandse spelers op het gebied van NGS-diagnostiek in het kader van plantgezondheid samenwerken om te komen tot standaardisatie van NGS methodieken en validatie van op NGS gebaseerde testen.

Doel

Opstellen van gestandaardiseerde procedures en controles in het produceren en analyseren van NGS data, waarmee op NGS gebaseerde testen kunnen worden gevalideerd.

Beoogde resultaten

  • Een gestandaardiseerde methode voor NGS-analyse, zodat deze nieuwe, veel belovende technologie geïntegreerd kan worden in de huidige diagnostische analyses en certificeringen. Ook biedt het de mogelijkheid om op NGS gebaseerde testen te valideren.
  • Goede inbedding van NGS in de huidige keuringsdiensten en Nederlandse bedrijven die werken met zaad en uitgangsmateriaal.
  • Betere analyse-en visualisatiemogelijkheden die de interpretatie van de NGS data-analyse effectiever en betrouwbaarder maken.

Publicaties