Project
PCRV
Dit project voorziet in verbeteringen en uitbreidingen van de huidige versie van PCRv. De aanpassingen zorgen ervoor dat de vereiste in silico validatie van moleculaire diagnostiek in de toekomst mogelijk blijft en uitgebreid wordt naar aanleidng van vraag.
Moleculaire diagnostiek zoals real-time PCR-testen, multiplex PCR-testen, LAMP-assays is de eerste lijn laboratoriumdiagnostiek voor verdenkingen van bijna alle bacteriële, parasitaire en virale ziekten bij dier en mens. PCR-testen zijn snel, gevoelig en specifiek door een klein stukje genetisch materiaal (PCR-target) van pathogenen exponentieel te vermeerderen en tegelijkertijd te detecteren. De publieke databases met sequenties van allerlei organismen neemt de laatste jaren exponentieel toe.
Bestaande moleculaire testen moeten regelmatig getoetst moeten worden op sensitiviteit (inclusiviteit of wel detectie van alle varianten van het pathogeen) en specificiteit (exclusiviteit of wel geen detectie van gerelateerde pathogenen). Echter, materialen zijn lang niet altijd beschikbaar voor testvalidatie in het laboratorium met kweekmateriaal (in vitro) of diermonsters (in vivo validatie) en is bovendien duur, arbeidsintensief of onacceptabel (dierproeven). Toetsen op sensitiviteit en specificiteit op basis van de vele sequenties in publieke databases is wel mogelijk en wordt in silico validatie genoemd.
WBVR heeft het computerprogramma PCRv ontwikkeld voor in silico validatie van moleculaire testen. PCRv koppelt vrij beschikbare software om deze in silico validatie automatisch uit te voeren en genereert een validatierapport met een overzichtelijke samenvatting en een gedetailleerde lijst met validatieresultaten.