Short and Sweet – on short prokaryotic Argonautes

Samenvatting

Argonaute eiwitten (Agos) zijn te vinden in alle levende organismen. Agos binden korte oligonucleotiden (guides) om specifieke target RNAs of DNAs te binden. In prokaryoten spelen Agos een rol in de immuniteit tegen virussen en plasmiden. Deze thesis beschrijft de werking van korte prokaryotische Agos (korte pAgos), in het bijzonder korte pAgos die geassocieerd zijn met een TIR-

domein, de zogenaamde SPARTA systemen. We tonen aan dat binding van SPARTA aan een guide en target veranderingen induceert die leiden tot SPARTA-oligomerisatie en activatie van het TIR-domein, wat resulteert in afbraak van het essentiële metaboliet NAD+. In de cel verzamelt SPARTA guides die complementair zijn met vreemd DNA, wat leidt tot de activatie van SPARTA en daaropvolgend celdood. Op deze manier verwijdert SPARTA geïnfecteerde cellen uit de populatie. We bekijken ook de bestaande literatuur over andere korte pAgos, en beschrijven enkele voorlopige bevindingen over afwijkende SPARTA systemen en andere niet-gekarakteriseerde korte pAgos.