Industry - science collaboration on data limited stocks : final report on the industry-science collaboration project OSW Data arme visbestanden

Summary

Het onderzoekssamenwerkingsproject Data Arme Visbestanden (OSW-DAV) was gericht op verschillende innovaties die de rol van de visserijsector bij het verzamelen van gegevens voor bestandsbeoordelingen versterken. De gegevensverzameling betreft een bedrijfssurvey voor tarbot en griet (BSAS) en DNA-bemonstering voor verwantschapsanalyse voor roggen (RAYS). Beide vormen van gegevensverzameling zijn in de voorgaande OSW 2.0- en OSW 2.1-projecten geïnitieerd en in het huidige project voortgezet om tijdreeksen van minimaal vijf jaar te verkrijgen, hetgeen een voorwaarde is voor het gebruik van de gegevens voor bestandsschattingen. De innovaties betreffen de ontwikkeling van materialen en protocollen die eenvoudig toe te passen zijn door vissers en resulteren in betrouwbare gegevens, zodat de wetenschappelijke kwaliteit gewaarborgd is. De bedrijfssurvey tarbot en griet heeft tot doel gegevens te verzamelen in aanvulling op de gegevensverzameling die al plaatsvindt door wetenschappelijke surveys, met als doel de algehele kwaliteit van de toestandsbeoordelingen voor deze soorten te verbeteren. De bedrijfssurvey werd oorspronkelijk ontworpen en uitgevoerd in het voorgaande project OSW2.0 en de jaarlijkse uitvoering in september-oktober werd voortgezet in het huidige project. Het survey-gebied is gebaseerd op de tarbot- en grietvangsten (LPUE) en de ruimtelijke verdeling van de boomkorvloot (VMS-gegevens), in omvang teruggebracht tot een haalbare omvang voor drie vissersschepen, rekening houdend met hun normale visgronden. De huidige en toekomstige gebieden die gesloten zijn voor de visserij werden verwijderd en er werd een raster van 5x5 km op het survey-gebied aangebracht. Voor elke jaarlijkse survey worden willekeurig 60 rastercellen geselecteerd als survey-station en bevist door drie vissersschepen (elk 20 stations) tijdens reguliere visweken. Schippers moeten de survey-trekken ergens binnen de aangewezen rastercellen starten, maar zijn daarna vrij om de route van de survey-trek te bepalen. Onderzoekers aan boord verzamelen, tellen en meten alle tarbot en griet uit de vangsten op survey-stations. Otolieten voor leeftijdsbepaling worden uit een subset van de verzamelde vissen bemonsterd. Gegevens worden beschikbaar gesteld via de ICES-database DATRAS. Voor gebruik van de gegevens voor toestandsbeoordelingen zijn minimaal tijdreeksen van vijf jaar en een succesvolle benchmark door de ICES vereist. In dit project wordt een vijfjarige tijdreeks (2019-2023) gerealiseerd, maar de benchmark is op zijn vroegst voorzien voor 2025. De DNA-bemonstering voor roggen had tot doel DNA-monsters, wervels voor het bepalen van de leeftijd en gegevens over de geslachtsrijpheid van roggen in de Noordzee te verzamelen. De DNA-monsters kunnen worden gebruikt om nauw verwante individuen te vinden op basis van hun genotypen. Samen met informatie over de leeftijd van de individuen, afgeleid uit de groeicurve van de roggen, maakt het aantal nauw verwante roggen een schatting van de omvang van de volwassen populatie mogelijk. In samenwerking met de visserijsector zijn monsters verzameld middels zelfbemonstering, waarnemers aan boord en marktmonsters. De zelfbemonstering gebeurde met behulp van een bemonsteringskit (Allflex TSU-flacons) die door bemanningsleden werd gebruikt. In totaal werden 3133 monsters met succes gegenotypeerd, waarmee een eerdere bemonstering voor stekelrog en gevlekte rog werd uitgebreid. Voor de stekelrog leidde dit tot de ontdekking van tien nieuwe half broer/zusparen. Het bijwerken van de schatting van de populatiegrootte met behulp van de nieuwe steekproeven leidde tot een schatting van 640 duizend volwassen stekelrog individuen, met een geschatte volwassen overleving van 0,6 per jaar, wat betekent dat 60% van de volwassen dieren jaarlijks overleeft. Een genoomassemblage voor gevlekte roggen resulteerde in 87 miljard basenparen. Om een zo compleet mogelijk genoom van gevlekte rog samen te stellen is het DNA van één rog als opgeknipte losse stukjes geanalyseerd die losse stukjes zijn vervolgens samen gevoegd. Deze genoomassemblage resulteerde in 2,7 miljard basenparen, waarvan met behulp van BUSCO methode beoordeeld is hoe compleet het is. De BUSCO score was 93,5%. Het gebruik van DArTseq-technologie om de DNA-monsters van de gevlekte roggen te genotyperen resulteerde in een set van vier verwanten van ouders en nakomelingen, maar een goede schatting van de de populatiegrootte is met deze lage aantallen verwanten nog niet mogelijk. De gegevens over het roggen genoom die de afgelopen jaren in OSW-projecten zijn verzameld kunnen in de toekomst bijdragen aan methodes om het zonder a priori kennis van de specifieke soort rog, toch voldoende genetische variatie te kunnen detecteren van iedere individuele rog. Deze toekomstige SNP-array vergemakkelijkt het verkrijgen van aanvullende gegevens, die dan gebruikt kunnen worden in het model voor het schatten van de populatie omvang van de verschillende roggen soorten.