Nieuws
WUR verstevigt leidende positie op long-read sequencing technologie met PacBio Sequel IIe
Met de PacBio Sequel IIe is Wageningen University & Research (WUR) klaar voor de toekomst als het gaat om Next Generation Sequencing. Op locatie van WUR Bioscience op Wageningen Campus is hiermee de nieuwste technologie op het gebied van high quality long-read sequencing beschikbaar voor onderzoek. Ook organisaties van buiten WUR kunnen gebruikmaken van het geavanceerde apparaat.
Next Generation Sequencing (NGS) is de verzamelnaam voor snelle technieken om DNA-codes van levende en dode organismen af te lezen. Met de kennis die via DNA-sequencing wordt verkregen, kan een betere soortselectie bij bijvoorbeeld de plantenveredeling en de fok van dieren worden verkregen. Bovendien kan dit kennis en inzicht in processen als groei en weerstand bij verschillende omgevingscondities vergroten. Het onderzoek op het gebied van genomics sluit aan bij de missie van WUR ‘To explore the potential of nature to improve the quality of life'.
State-of-the-art faciliteit
De Sequel IIe is het nieuwste platform van PacBio voor high throughput single molecule sequencing. De PacBio Sequel IIe is onderdeel van de NGS-faciliteit op locatie van WUR Bioscience op Wageningen Campus en is complementair aan Illumina short read sequencing technologie en BioNano Genomics genome mapping technologie.
Met de Sequel IIe is nu long-read sequencing met uiterst hoge sequence kwaliteit mogelijk, HiFi sequencing genoemd. Hiermee onderscheidt PacBio zich van alle andere long-read sequencing technologieën van dit moment. Deze HiFi reads blijken van onschatbare toegevoegde waarde voor allerlei downstream applicaties zoals de-novo genome assembly, SNP discovery, structural variation detection en haplotype phasing.
Delen van faciliteiten
De aanschaf van de PacBio Sequel IIe is een resultaat uit de samenwerking tussen Shared Research Facilities (WUR), de business unit Bioscience van Wageningen Plant Research, BaseClear en KeyGene voor het delen van faciliteiten.
Met de investering via Shared Research Facilities komt het geavanceerde apparaat ook beschikbaar voor gebruik door andere organisaties en bedrijven dan de samenwerkingspartners. Dit past in de ambitie om geavanceerde apparatuur en faciliteiten beschikbaar te maken voor gedeeld gebruik in het Foodvalley innovatie-ecosysteem. Shared Research Facilities werkt hiertoe nauw samen met Foodvalley NL in het gezamenlijke initiatief Shared facility finder.
Meer informatie
Wilt u meer weten over de PacBio Sequel IIe en de mogelijkheden voor gebruik? Neem contact op met Elio Schijlen, Wageningen Plant Research, BU Bioscience.
Wilt u meer informatie over de mogelijkheden van aanschaf, gebruik of het delen van onderzoeksapparatuur en faciliteiten? Neem dan contact op met Shared Research Facilities.